Có ý kiến cho rằng, không nên gọi Rùa Hồ Gươm là rùa, mà nên gọi là ba ba lớn hay giải. Trong tiếng Trung Quốc, loài này được gọi là ban miết hay lại đầu ngoan (ba ba chốc đầu) và loại rùa da trơn có vỏ mai mềm (miết, ngoan) này không được xếp vào hàng tứ linh của các loài Long, Lân, Quy, Phụng vì nó không phải là Quy về mặt danh xưng.[8]

Rùa Hồ Gươm

Rùa Hồ Gươm có kích thước khá lớn, đầu tương đối nhỏ và rộng, mõm ngắn, tròn, vòi rất ngắn, lưng màu vàng lục có những đốm vàng, yếm bụng màu trắng nhạt. Mai rùa mềm chứ không cứng như loài rùa thông thường.

Theo di thể rùa chết vào thập niên 1960 hiện lưu giữ trong đền Ngọc Sơn thì cá thể đó cân nặng 250 kg với chiều dài 2,1 m và chiều rộng 1,8 m. Cá thể mà thành phố Hà Nội bắt để chữa trị vết thương trên thân rùa hồi tháng 4 năm 2011, giống cái, nặng 169 kg với chiều dài toàn thân của Rùa là 185 cm; chiều rộng mai là 99 cm, chiều dài đuôi là 35 cm.[9][10]

Cũng theo giả thuyết của PGS Hà Đình Đức, Rùa Hồ Gươm có thể có nguồn gốc từ Lam Kinh, Thanh Hóa, cùng quê với vua Lê Lợi, và được vua Lê thả vào Hồ Gươm, vì trước đó không có thông tin gì về loài rùa lớn nào tại Thăng Long[11] Theo GS Lê Trần Bình, so sánh cho thấy mẫu ADN của rùa hồ Gươm giống rùa Quảng Phú - Thanh Hóa.[10]

Năm 2010, có một cá thể rùa mai mềm với chiều dài 1,2 m nặng 52 kg chết đã được TS. Vũ Ngọc Thành nguyên cán bộ khoa Sinh, ĐH Khoa học Tự nhiên Hà Nội làm tiêu bản.[12]

Rùa Đồng Mô

Một cá thể rùa bị bắt và thoát chết năm 2008 tại Đồng Mô, Hà Tây cũ, cũng được xem là đồng chủng với Rùa Hồ Gươm,[13] có chiều dài 90 cm, ngang 70 cm, cân nặng chừng 80–90 kg, mép màu vàng, đầu đốm rằn ri và mai màu xanh xám.[14] Ông Douglas Hendri, giám đốc Chương trình Bảo tồn rùa châu Á đã từng dựng lều trại tại bờ hồ, rồi đêm ngủ tại lều, ngày theo ngư dân đánh cá để tìm kiếm rùa.[14] Ông Douglas khẳng định đã làm xét nghiệm ADN rùa Đồng Mô tại Viện Sinh thái Tài nguyên sinh vật và kết quả xét nghiệm cho thấy rùa Đồng Mô cùng loài với rùa Hồ Gươm, cùng loài Rafetus swinhoei với cả hai con giải hiện đang được nuôi dưỡng trong vườn thú ở Trung Quốc.[14] Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên Quốc tế (CI) cũng xác định con rùa mai mềm lớn ở Đồng Mô thuộc loài Rùa Hoàn Kiếm.[15]